2004年，沈阳生态所开展了以学术活动为主线的所庆纪念活动。认真组织了6个国内外学术会议，营造了浓厚的学术氛围，进一步扩大了沈阳生态所在国内外的学术影响，提高了该所的学术地位。

    2004年5月23至28日，沈阳生态所、南京土壤研究所、德国农业研究中心植物营养与土壤科学研究所共同举办的“中德植物硫营养学术研讨会”在沈阳召开。来自中国、德国、美国等50余位专家、学者参加了会议。会议着重研讨了由于大气硫排放的减少带来的作物缺硫问题。23位专家报告的内容涉及到全球硫循环，植物体内硫原生代谢和次生代谢及其基因技术运用，植株硫释放含硫气体的分析测定方法，硫肥的使用增强作物抗逆性、提高作物产量、改善作物品质等研究。

    2004年6月13至19日，沈阳生态所主办的“首届数字林业国际学术研讨会”在北京国际饭店举行。来自中、美、加、英、德等国的专家、领导及研究生40余人参加了研讨会。与会专家就数字林业的概念，理论、研究方法和发展方向进行了充分的研讨，对数字林业的定义达成了共识：数字林业是系统地获取、融合、分析和应用数学信息来支撑可持续森林经营管理的科学、技术和艺术。与会专家一致认为该会议是国际上首次以数字林业为主题的国际学术会议，引领了世界数字林业科研、教学和学科建设的前沿，将在国际林业界产生重要影响。

    2004年10月4至8日，沈阳生态所、中国生态学会、美国加州大学联合主办的 “生态过程国际学术研讨会”在沈阳举行。来自中国、美国、英国、德国、奥地利、芬兰、澳大利亚、新西兰、爱沙尼亚、印度、韩国、日本及中国台北等国家和地区的专家和学者110余人参加了研讨会。会议期间交流论文85篇，6位知名专家做了主题报告，38位专家作了专题口头报告，与会专家学者主要来自生态学、环境科学、农学、林学和生命科学等领域，主要就可持续农林业中的生态过程、营养生态过程与生态系统健康、污染生态过程与环境安全、解毒与生态进化、土壤生物生态过程与微量气体释放、生态过程调控与生物多样性这6个议题开展最新学术成果的发表和交流。本次会议的召开，不仅对生态过程学科的发展具有推动作用，同时对促进我国乃至世界21世纪生态安全、环境健康与农林业可持续发展具有重要意义。

    2004年5月18至20日，沈阳生态所和生态实验站承办的“首届中国植物化感作用学术研讨会暨中国植物保护学会植物化感作用分会筹备大会”在沈阳举行。来自全国17省市自治区的33家科研单位和高等院校的81名代表出席了会议。全国从事植物化感作用研究专家学者及相关研究人员首次聚会，共同研讨我国植物化感作用研究的方向、重点及难点问题，研究的进展。六名学者就国内外植物化感作用最新的研究方法和进展作了大会报告。另有27名代表分别报告了他们在植物化感作用研究领域取得的最新研究进展及成果。会议共收到63篇中英文论文，这些论文基本代表了该学科国内研究的动态和水平。

    2004年7月27至29日，沈阳生态所、沈阳农业大学等共同承办的中国土壤学会第十次全国会员代表大会暨学术年会在辽宁大厦举行，本次大会以“土壤科学与农业和环境”为主题进行了广泛的学术交流与研讨。来自全国各地的1100多名代表参加会议。大会设十三个分会场举行了专场学术报告会，来自全国土壤学界的300余名专家学者分别就“农业、生态、环境中的土壤物理问题”；“土壤环境化学与污染控制”；“土壤-植物营养研究进展”；“污染土壤的风险评价及修复”；“土壤化学与农产品安全和生态环境建设”等专题作了报告。报告基本涵盖了当今土壤学研究的热点问题，反映了新世纪我国最新研究成果。进一步拓宽了研究思路，更加明确了土壤研究的方向。

    7月27日下午，举行了“第五届海峡两岸土壤肥料学术交流研讨会”，两岸学者聚集一堂，就中国肥料使用中的问题及提高肥料利用率的对策与技术、西北地区水土资源的利用与荒漠化防治、土壤植物系统中的水过程及模拟研究，香港环境研究等问题进行了学术交流。