自2003年下半年开始，中科院港澳台事务办公室经与院政策局、计划局和院评估中心多次协商，参考“国家重点实验室评估规则和综合指标体系”及“院研究所评价指标体系”的一些规定，本着公平、公正、公开和注重研究方向，注重研究成果的指导原则，在征求了香港相关6所大学和中科院被评单位的意见后，制定了“海洋之神8590vip与香港地区联合实验室评估办法(试行)”。

    此次评估时，在院港澳台事务办公室备案的中科院与香港有关大学联合实验室共有15个，其中有10个联合实验室按要求提交了评估报告，参加联合实验室的评估；另有5个联合实验室因合同期满和研究室转制等原因未参加本次评估。根据上述10个联合实验室提供的评估报告材料，院港澳台事务办公室根据不同的专业为每个实验室分别从内地和香港各聘请了1位评审专家，各位专家对各自评议的联合实验室提出了定性评估意见；院评估中心更是认真负责，对各联合实验室提供的评估报告反复多次按研究成果(论文、专利、获奖)、人才培养、学术交流等不同类别核实测评，给出了详实的定量评估结果。最后聘请四位专家，组成综合评估专家小组。综合评估专家小组对10个联合实验室进行了认真地综合评议，其评估结果如下：

    综合评估专家小组一致认为：此次参加评估的绝大部分联合实验室中都非常重视双方的合作，且在经费投入有限的情况下，发挥了合作双方各自的优势，在一些相关领域取得了不少出色的成果。对促进中科院与香港地区间的合作研究、人才培养、学术交流起到了积极的推动作用。专家小组一致同意：将10个联合实验室分成3类，优秀的有3个联合实验室，依次为新材料联合实验室、不对称合成联合开放实验室和三亚海洋科学联合实验室；较好的为6个联合实验室，沪港化学合成联合实验室、大空间建筑火灾安全与技术联合研究中心、功能材料与器件联合实验室、地球信息科学联合实验室、边坡岩土工程力学联合研究中心、土壤与环境联合开放实验室，这6个联合实验室各有特点，学科差别很大，不再排序；相比之下，微电子联合实验室存在一定的差距，排在最后。

    通过此次评估工作，取消5个未报评估材料的联合实验室，初步达到了取消有名无实联合实验室和进一步推动实质性合作的目的。2月24日，院港澳台事务办公室已向有关的单位通告了评估结果。