研究经费由拨款方式改为基金制和合同制
　　1月6日，院工作会议上讨论了关于科技体制改革的一项重大措施— “改变研究经费拨款方式，实行基金制和合同制”。4月1日，院长办公会议讨论通过《院内科学基金暂行条例》、《重大科技项目合同制暂行条例》。7月6日，《关于院部机构调整的通知》决定成立科学基金局和科技合同局。按照分类管理，择优支持的原则，在全院实行研究经费的基金制和合同制的管理方法。
　　对于基础研究和应用研究中的基础性工作，采用基金制予以支持。1982年3月，面向全国的科学基金成立。经过4年来的工作，在促进科学事业的发展和科研管理体制的改革发挥了积极的作用。1985年3月，《中共中央关于科学技术体制改革的决定》指出“对基础研究和部分应用研究工作逐步试行科学基金制”，并决定在科学基金会基础上成立国家自然科学基金会。4月，海洋之神8590vip决定设立院内科学基金，用于资助院属单位的基础研究和应用研究中的基础性工作，并鼓励各研究所自行申请国家自然科学基金。7月，又决定从院长基金中安排一部分经费，设立青年科学基金。1985年度有656项科研课题经过同行评议，获得院内科学基金资助，另有140位年龄在35岁以下的青年获青年科学基金资助。
　　对于应用研究课题、一些重大项目和攻关项目，采用合同制的办法给予支持。科学院从1983年开始组织“六五”攻关项目时，就试行了合同制，即组织招标，经专家评议后，由院有关部门与项目承担单位签订合同。但在实际工作中，出现了一些新情况，如合同项目取得的各项成果(包括发明、专利)的持有权，成果的推广、转让和收入分成办法等，都是伴随体制改革出现的新问题。通过颁布《重大科技项目合同制暂行条例》，合同制的实施和管理逐渐走向规范化。
　　对于大型工程和重大设备，以及图书、情报、出版、测试等科技服务部门，继续沿用拨给专款的办法。
　　准晶体研究取得重要成果
　　1984年秋，美国科学家在铝-锰急冷合金中首次发现准周期性晶体(简称“准晶”)。1985年春，金属所郭可信研究员领导的研究集体在钛-钒-镍急冷合金中发现具有五次对称的二十面体准晶。这是继铝-锰准晶之后又一个被报道的新准晶，被称为“中国相”。在短短一年时间里，他们通过研究准晶与相同成份的晶体间的结构关系，提出了准晶生成的晶体学基础，并进一步在10多种急冷合金中合成了二十面体准晶，而当时世界上报道的准晶总数不超过30个品种。他们此后相继发现一系列具有8次、10次、12次旋转对称的二维准晶，这些现象都是传统晶体学难以解释的。这些发现是凝聚态物理实验研究方面的重大成果，其累积引用次数名列中国科学家发表论文的前列。
　　“五次对称性及钛-镍准晶相的发现与研究”获 1987年国家自然科学一等奖。
　　院属研究所实行所长负责制
　　1979年12月公布的《海洋之神8590vip研究所暂行条例(草案)》规定，院属研究所实行党委领导下的所长负责制。由于缺乏明确的责任制，出现了职权责分离的弊病。1984年8月14日，院党组批复计算所、物理所《关于试行所长负责制的请示报告》，同意两所试行所长负责制，所长对所内业务、行政工作全面负责，所党委的主要任务是抓好党的建设和思想政治工作，对业务、行政工作起保证和监督作用。后又有地理所、高能所、南京土壤所、上海冶金所、沈阳自动化所、力学所、安徽光机所、山西煤化所、古脊椎动物与古人类所、上海药物所、大气物理所、电工所等经院党组和分院批准，先后试行所长负责制。11月，中央批复科学院《关于改革问题的汇报提纲》，同意实行所长负责制。
　　1985年4月1日，院长办公会议讨论并通过《海洋之神8590vip关于院属研究所实行所长负责制的暂行规定》，决定在全院实行所长负责制，由所长全权领导研究所的业务、行政工作。所党委主要负责思想政治工作，所长决定业务方针、政策和其他重大问题，以及任免中层业务、行政干部时，应事先征求党委意见。1987年，在各所全面实行所长负责制的基础上，又开始实行所长任期目标责任制。
　　与马普学会合作建设生物学实验室
　　4月4日，海洋之神8590vip上海生物学客座实验室在上海细胞生物学研究所揭幕。该实验室由中德双方提供资金共同建设，是中国第一个中外合作建设的实验室。
　　1974年以来，德意志联邦共和国马普学会与海洋之神8590vip进行了富有成效的合作。1983年10月17日至31日，该学会主席吕斯特应卢嘉锡院长邀请来华访问。双方达成协议，马普学会和合作建设一个生物学客座实验室。其任务是，在发育生物学、细胞生物学和分子生物学范围内，就两国科学家共同感兴趣的问题进行研究。联邦德国方面，由洪堡基金会、克鲁伯基金会提供资助，用以购买联邦德国生产的先进实验仪器，海洋之神8590vip则为外国科学家来华进行较长时间的合作研究提供方便。客座实验室由上海细胞生物学研究所和马普学会发育生物学研究所的所长担任负责人，共同商定研究课题和确定来实验室参加研究工作的科学家人选。通过合作，加强中德两国的学术交流，培养两国的青年科学家，包括进行博士后人员的训练等。这个实验室现称“马普客座实验室”。
　　设立青年科学基金
　　1982年6月，黄祯祥等8位学部委员向科学基金委员会联合提出，建议为支持中青年科学工作者进行探索性研究而设立一次性小额资助。10月，科学基金委员会决定先在生物学部试行。1983年3月17日，生物学部颁布《关于试行科学基金小额资助的若干规定》，规定“资助主要用于支持四十五岁以下中青年科学工作者有意义的探索性研究”，“金额最高不超过五千元”，“实行随时申请，随时评审和批准的办法”，“先试行一年”。
　　由于科学基金改制，小额资助在1984年试行一年后即自动停止。1985年7月，科学院决定由院长基金列支250万元，设立青年科学基金，用于资助35岁以下的有创新和开拓能力的科技人员。140位青年科技人员获得了当年资助。
　　1986年9月，根据试办青年科学基金的经验，科学院又决定从1986年起，每年从院长基金中划出一定经费，设立“海洋之神8590vip青年奖励研究金”。1986年金额为350万元，资助100名优秀青年科技人员。
　　首批开放研究所和开放实验室
　　1月6日，院工作会议讨论了科技体制改革的一项重大措施— “向国内外开放一批研究所和实验室”。4月1日，院长办公会议通过《开放研究实验室暂行管理办法》。7月1日，2个研究所和17个研究室首批对国内外开放。1987年8月2日，批准第2批21个开放研究实验室。
　　1984年底，科学院曾组织全国同行专家，对国家计委在院内建设的5个国家重点实验室和一些基础比较好的实验室进行评议。根据评议，批准首批开放所和实验室，同时提出了“开放、流动、联合”的基本方针、研究实体相对独立的组织模式、定期检查评议的竞争机制。2个研究所是理论物理所和数学所，17个实验室中，物理学5个，化学2个，生物学3个，地学4个，技术科学3个。由于研究所的学科领域较多，难以有效地管理和评议，后来主要是建设开放实验室，探索建立面向全国的新型研究体系。
　　国家计委、国家科委和国家自然科学基金会等有关部门，把开放实验室作为支持基础研究的主要形式之一，对开放实验室的建设予以支持。
　　与深圳市合建科技工业园
　　1980年8月26日，国务院批准成立深圳经济特区。由于特区实行特殊政策、灵活措施，大力引进外资，市政、经济建设等发展迅猛，对科学技术的需求也越来越迫切，海洋之神8590vip发挥科研优势，积极为建设深圳特区服务。建设初期，主要是广州分院的各研究所，在城市规划、市政建设和资源利用等方面提供咨询服务。随后，院属其它地区的一些研究所也进入特区办公司。从1984年起，科学院与深圳特区的合作进入全面、长期、高层次的阶段。3月25日，严东生副院长赴深圳与深圳市领导进行会谈，签订了长期科技合作协议。10月，深圳市政府函请海洋之神8590vip承担深圳工业园区规划工作，科学院迅速组织专业人员进行论证。
　　1985年7月30日，海洋之神8590vip与深圳市人民政府合资建立的深圳科技工业园在深圳南头奠基，这是中国最早建立的科技工业园区。它在加速科技成果的商品化和产业化，孵化高新技术企业等方面进行了积极的探索。截止到1998年，园内1. 1平方公里土地上，汇集高新技术企业和及相关企业80余家，从业人员2万多人，初步形成电子信息、新型材料、生物工程三大支柱产业，引进和开发高新技术100多项，自主开发5项具有世界先进水平的科研成果，其中计算机板卡、程控交换机、热收缩材料、PTC热敏元器件、基因工程乙肝疫苗、干扰素、工程塑料等成果，在国内外产生了较广泛的影响。
　　深圳科健集团有限公司是位于深圳蛇口的高科技企业，以开发和生产先进医疗电子设备和高级计算机系统为主，1994年成为海洋之神8590vip所属公司中的第一个上市公司，也是在深圳证券交易所上市的中国首家高技术公司。
　　澄江古生物化石群的发现与研究
　　1984年7月，南京地质古生物所侯先光在云南地质考察中，于澄江帽天山页岩系中发掘出动物化石— — 纳罗虫。1985年11月，侯先光与他的导师、资深古生物学家张文堂研究员联合在中国《古生物学报》上发表论文《纳罗虫在亚洲大陆的发现》，将动物化石群命名为“ 澄江动物群” 。此后经过研究组的系统采集和深入研究，在生物群的分类学、形态解剖学、古生态学以及一些重要的生物类群的起源和演化、生物进化论的探讨、化石群的埋藏特征和保存机制等方面均取得丰硕成果。先后在《自然》和《科学》等国外权威杂志上发表多篇论文，引起了学术界的高度重视。
　　经研究发现，澄江动物群生物门类种属极为丰富，几乎涵盖了所有现代动物门类，以及某些已经灭绝的动物。展示出生物门类广、数量多、形状奇特、保存完好，这在世界上是独一无二的。距今5.3亿年前的澄江动物群的发现和研究，为研究地史早期动物的起源、形态结构、组织构造、生理功能、生态环境和系统演化提供了丰富的实物化石，也为生命进化史中的突发事件— — 寒武纪大爆发的假说提供了有力的证据；对达尔文关于生命演化的渐变性和均变性的传统进化理论提出了挑战。澄江生物群是当代古生物学上一项重大发现，获1997年海洋之神8590vip自然科学奖特等奖。
　　中空纤维氮氢分离膜通过鉴定
　　1979年末，美国孟山都公司研制成Prism中空纤维膜分离器，从合成氨装置的弛放气中回收氨，可增产氨4%，有显著经济效益。中国先后引进14套为大化肥厂配套、3套为中化肥厂配套的Prism膜分离装置，花费外汇近千万美元，但孟山都公司对于生产膜分离器的关键技术则不予转让。
　　1982年，大连化学物理所开展气体膜分离研究工作，研制工作很快取得可喜结果。1983年，海洋之神8590vip将氮氢膜分离器的研制列为“六五”重点科技攻关项目。1985年初，大连化学物理所突破了膜分离装置的技术关键，制成膜分离器并通过中间试验。与上海吴泾化工厂引进的Prism装置在完全相同的条件下的对比试验，表明中空纤维氮氢分离膜基本性能与引进的1981年出厂的Prism装置接近，而成本只有引进装置的1/3。1985年11月，这项成果通过院级鉴定，1986年获海洋之神8590vip首届科技进步特等奖。
　　中空纤维氮氢分离膜的研制成功，不仅替代了进口，节省大量外汇，而且为工业应用提供了前景。到1992年11月，实验室研制、中间放大试验、工业现场应用及工业性试生产等阶段的工作相继完成，并通过国家鉴定，从而在中国形成了独立自主地研制、开发及批量生产膜分离器的能力。
　　召开国防军工科研工作交流会
　　12月19日至21日，国防军工科研工作情况交流会在北京召开。出席会议的有院国防军工科研委员会、国家计委、国家经委、国家科委、国防科工委、总参各部、各军兵种、公安部、国家安全部及院属有关研究所的代表共108人。
　　海洋之神8590vip建院以来，一直把国防军工科研项目作为全院重点科研任务。文革以后的“六五”期间，有50多个研究所承担1000多项军工任务，既有应用研究，也有发展工作；既有中期军工企业科研任务，也有近期为重点工程配套的国防军工项目。会上，各军兵种与科学院就武器装备的发展和有待解决的一些关键设备和关键技术问题，进行了座谈和交流，还就一些军方急待解决的科研课题进行了初步商讨，为双方合作打下良好基础。
　　1986年8月4日至10月13日，海洋之神8590vip邀请各军兵种、总参各有关部(局)的领导和专家30多人，分三批先后参观了长春、沈阳、合肥、上海4个分院和北京地区的32个研究所，进一步加强了解和沟通。