近年来，中科院大豆分子设计育种重点实验室在环境友好型大豆分子设计育种、以及大豆高产、优质、养分高效利用、抗病等控制大豆重要农艺性状基因的发掘、等方面取得一系列成果。 

　　建立了先进的大豆分子设计育种平台，培育的环境友好型大豆新品种，为改善东北黑土地作物种植结构和减肥减药提供了优良的新品种。开发了大豆株型智能自动获取技术、大豆叶型定量分析技术、大豆荚粒数性状定量分析技术和种子形态分析和自动获取技术，实现了大豆重要农艺性状的定量分析比较；建立了5,124份大豆表型组数据、2,537份大豆重测序数据、1,738份大豆转录组数据形成的多组学整合数据库，解析控制大豆重要农艺性状基因的7,025个遗传位点，为大豆分子设计育种提供了全基因组技术路线。通过分子设计培育的大豆品种“东生104”、“东生105”、“东生112”2020年通过审定。“东生”系列大豆的成功培育，是分子设计育种理论的成功实践，对提高我国东北大豆产量以及东北大豆品种更新换代，具有里程碑式意义。 

　　大豆重要农艺性状分子调控机制的研究取得突破，为提升大豆分子育种理论水平奠定了理论基础。 

　　针对目前大豆育种遗传基础狭窄及优异种质资源贫乏的问题，以核心大豆骨干亲本为材料采用物理和化学诱变的方法创制了容量为40万株系的大豆突变群体，建立了大豆饱和基因突变库和优良变异材料库。已检测到8,390,843个大豆基因组新变异，98%以上的大豆基因平均有3个以上的有义等位突变。建立高效分子标记鉴定方法5套，快速基因定位和克隆方法3套，开发育种可用分子标记237个，克隆和鉴定了调控大豆高产、优质、抗逆和生育期的重要基因56个，选育优异育种材料778份，为大豆新品种培育提供优异材料和靶标基因。其中，定位和解析了控制大豆株型的GmILPA1基因；解析了控制大豆百粒重GmCYP78A72基因，解析了调控大豆维生素B1合成、四吡咯代谢和表皮毛发育相关基因，解析了类胡萝卜素裂解双加氧酶GmCCD4，该基因的突变导致大豆花和种子中类胡萝卜素含量上升3倍；解析了大豆受体激酶GmLMM1参与的模式识别受体启动微生物模式触发免疫的机制，揭示大豆PTI抗病机理，为培育高抗病的大豆新品种提供了理论指导。这些基因的发现为分子设计育种提供了明确的靶标，极大促进了大豆分子生物学研究水平和分子育种进程。相关研究成果在Plant Biotechnology Journal、EMBO reports等国际主流杂志发表研究论文80余篇，申请或获得国家发明专利20多项，获吉林省自然科学一等奖1项。